Habitat:
Waternavel is een soort die, onder gunstige omstandigheden, met behulp van lange uitlopers dichte zomen kan vormen langs de oevers van vennen en andere plassen. Waternavel groeit ook in allerlei venige, matig voedselrijke en zwak zure (laagvenen s.l., natte hooilanden enz.) tot basische habitats (bv. vochtige duinpannen). De plaats waar de plant wortelt, staat in de winter meestal onder water en valt in de zomer droog. De plant speelt een rol in het verlandingsproces en komt voor op zowel minerale bodem zonder organische bovenlaag, als decimeters dik geworden veenlagen. In vennen is de soort bijna altijd aanwezig, maar ze gedijt het beste bij een oppervlaktewater-pH boven 5, met ten minste een geringe zuurbuffering. Ze treedt op de voorgrond, dikwijls samen met moerasstruisgras, wanneer een beperkte nutriëntenaanrijking heeft plaatsgevonden. Meer oorspronkelijke vensoorten, zoals moerashertshooi, veelstengelige waterbies en moerasweegbree worden dan verdrongen. Een fijnzandige minerale laag, onder de eventuele organische, lijkt in vennen de voorkeur te genieten. In voedselrijke omstandigheden handhaaft de soort zich tussen grotere helofyten door overal tussen te groeien, ook in de pollen van bv. pitrus. Door haar schildvormige, horizontale bladeren heeft de soort geen probleem om voldoende licht op te vangen.