Habitat:
Middelste waterranonkel vormt een 'centrale' probleemsoort van het ondergeslacht Batrachium. Door uiteenlopende visies op de soortomgrenzing werd ze herhaaldelijk opgesplitst en gehergroepeerd. Deze verschillende visies werden tot op vandaag voortdurend naast elkaar gehanteerd. Naast de hier gevolgde opvatting van de Flora van België (LAMBINON et al. 2004) met een enge soortbegrenzing, is ook de opvatting van VAN DER MEIJDEN (1996) courant in gebruik. Bij deze laatste wordt kleine waterranonkel (R. trichophyllus) ingesloten in middelste waterranonkel. Het geheel wordt fijne waterranonkel genoemd. Hetzelfde taxon (R. aquatilis) heeft dus in de beide flora's een verschillende inhoud. Middelste waterranonkel groeit bij voorkeur in neutraal tot licht alkalisch, zeer hard, ionen- en voedselrijk, soms wat brak, meestal helder water van het bicarbonaattype. De bodem is zuurstofarm, carbonaatrijk en licht tot matig organisch. Middelste waterranonkel groeit meestal in ondiep water maar kan ook terrestrisch in droogvallende gedeelten groeien. Het is een typische soort uit de oeverzones van traagstromend tot stilstaand water. Poel-tjes, vijvers, greppels, sloten, beken, natte duinpannen, oude rivierlopen, ondiepe laagten in weilanden en dergelijke vormen geschikte groeiplaatsen. Het is een pioniersplant die snel opduikt in nieuwe of geschoonde wateren.