Habitat:
Weegbreefonteinkruid heeft een zeer specifieke ecologische range, waardoor de soort alleen in enkele bijzondere, zeer zeldzame biotooptypes voorkomt. De soort groeit in kalkrijke, carbonaatrijke, harde, neutrale tot alkalische, ondiepe, zeer heldere, voedselarme, zeer fosfaat- en ammoniumarme, stilstaande tot vrij snelstromende, ‘koude’ wateren. Ze is zowel op zand als op leem te vinden. Weegbreefonteinkruid verdraagt sterke beschaduwing en kan daarom lang overleven in met riet dichtgroeiende moerassen. De soort kan ook tijdelijke droogteperiodes doorstaan. Ze groeit in niet-verontreinigde kwelplassen in de duinen en in bronzones, in sloten en beken in kalkmoerassen in het binnenland. Weegbreefonteinkruid vormt vaak zeer soortenarme vegetaties. Ze echterherbergen vaak ook bijzondere zoetwaterroodwieren en kranswieren.