Habitat:
Pas in 1967 wordt in de Belgische flora's voor het eerst melding gemaakt van de mogelijke aanwezigheid van dit taxon binnen het floragebied (DE LANGHE et al. 1967) en sedert 1973 zijn klein en tenger fonteinkruid apart vermeld in flora (DE LANGHE et al. 1973). In de vijfde editie van de Nouvelle Flore (LAMBINON et al. 2004) wordt de taxonomische identiteit van klein en tenger fonteinkruid echter opnieuw in vraag gesteld. Klein fonteinkruid is een soort van licht zuur tot licht basisch, matig voedselrijk of door vervuiling voedselrijker, stilstaand tot zwak stromend, hard water, in combinatie met een min of meer organische, carbonaatarme modderbodem. De soort mijdt brak water en groeit vooral in sloten, beken en poelen. Ze kan ook in rivieren, kanalen en grotere plassen gevonden worden. Klein fonteinkruid zou indicatief kunnen zijn voor de aanwezigheid van kwelwater.