Habitat:
Kleine valeriaan is een soort van diverse moerasvegetaties op venige, voedselarme bodems die onder invloed staan van kwelwater. Vaak gaat het om basische kwel in een eerder zuur milieu. Zo staat kleine valeriaan in Vlaams-Brabant op relicten van blauwgrasland (bv. Dworp en Berg). In de Kempen zijn de omstandigheden meestal nog wat zuurder, maar toch is ook daar mineraalrijke kwel aanwezig. Ook in Oost-Vlaanderen, in de Damvallei, betreft het een voormalig blauwgrasland. De West-Vlaamse locaties zijn sterk gedegradeerd of zelfs kortgeleden verdwenen (Assebroekse Meersen). In de Duinen rest nog een relictpopulatie in het Hannecartbos. De soort is hier ongetwijfeld een overblijfsel van de vegetatie van voor 1930, de periode van de aanplant van het elzenbos. Voordien lag daar een moeras, met een hele reeks soorten van blauwgraslandachtige vegetaties. Ook in het Westhoekreservaat komt nog een kleine populatie voor.