Habitat:
Klokjesgentiaan groeit op natte zandige, lemige en venige bodems. Dikwijls is de bodem licht zuur, carbonaatarm en matig tot zeer voedselarm. De soort komt zowel voor in natte heide als in heischrale graslanden en onbemeste hooilanden op veen. In Vlaanderen is natte heide het vegetatietype waarin de soort nog het meest te vinden is. Vooral padranden en kale plekken met humushoudend zand of compact veen in de natte heide zijn optimale groeiplaatsen. Plaggen is een geschikte beheervorm om het milieu voor klokjesgentiaan in stand te houden. In veenhooilanden in beekvalleien en laagveengebieden (nu haast enkel in het buitenland) is de soort te vinden op voedselarme, natte plaatsen met een geringe schommeling van de watertafel en een regelmatig maairegime. Door verdroging, maar ook bij sterke vernatting (gepaard gaand met inundaties) of door verzuring gaat klokjesgentiaan achteruit. Bij verdroging groeit de plant aanvankelijk nog flink uit, maar nadien verdwijnt de soort. Verzuring van de bodem is nadelig voor de kieming.