Habitat:
Naaldwaterbies is een amfibische plant die in principe een brede waaier aan wateren bodemkwaliteiten kan verdragen, maar die weinig competitief is tegenover grotere moerasplanten. Daarom kan de soort alleen lang standhouden op plaatsen waar de voedselrijkdom te beperkend is of waar golfslag en waterpeilschommelingen te sterk en te langdurig zijn om een rijke moerasplantenvegetatie te herbergen. De plant komt voorin zwak zuur tot alkalisch water. Waar de bodem niet al te lang droogvalt en waar weinig andere soorten groeien, kan de soort dichte tapijten vormen. Naaldwaterbies is niet bestand tegen organische afzettingen van enkele centimeter dik of meer. Minerale bodem (zand, leem of klei) moet binnen het bereik zijn van de vrij korte wortels. Toch heeft dit minuscule cypergrasje nood aan een dun organisch laagje: vaak is het de enige bron waaruit het de nodige mineralen kan putten. Vele standplaatsen ontstaan dan ook door het opschonen van ven- of vijverbodems en -oevers (pioniershabitat), maar de soort verdwijnt opnieuw wanneer verdere verlanding optreedt.