Niet alle houtrot is in te delen als wit- of bruinrot. Zachtrot is een type houtrot waarbij het aangetaste hout een brosse structuur krijgt. Zachtrotschimmels breken voornamelijk cellulose en hemicellulose af en in mindere mate lignine. Tot voor kort dacht men dat zachtrot enkel oppervlakkig voorkwam bij houten structuren (palen, enz.), maar zachtrotschimmels kunnen ook uitgebreide houtrot veroorzaken bij bomen.
Een bekend veroorzaker van zachtrot is Korsthoutskoolzwam (Ustulina deusta), zeker in de eerste houtrotstadia. Ruige Weerschijnzwam (Inonotus hispidus) en ook Reuzenzwam (Meripilus giganteus) zijn facultatieve zachtrotters: ze kunnen naast witrot ook zachtrot veroorzaken.
Zachtrotschimmels groeien hoofdzakelijk via de verhoute secundaire celwand en vreten daar min of meer holtes in. Vergelijkbaar met simultaanrot wordt het hout in de directe omgeving van de schimmeldraden afgebroken.
Zachtrot wordt vaak veroorzaakt door schimmels uit de groepen van de Ascomyceten (zakjeszwammen) en Deuteromyceten (schimmels waarvan nog geen sexuele voortplanting gekend is).
'Fungal strategies of wood decay in trees' door Schwarze
'Houtrot in bomen' door IPC Groene Ruimte