Een bijzondere groep schimmels in de bodem zijn de zogenaamde mycorrhiza. Deze benaming betekent letterlijk: schimmelwortel. De mycorrhiza bevatten veel schimmelsoorten die in symbiose leven met de plant. Symbiose is een samenwerkingsverband waarbij zowel de plant als de schimmel voordeel hebben. De schimmels groeien hiervoor in en rondom de wortel van de plant zodat voedingsstoffen uitgewisseld kunnen worden.
Wanneer de voorraad voedingsstoffen rondom de wortels uitgeput raakt, wordt de plant gedwongen om zijn wortelstelsel snel uit te breiden zodat nieuw voedsel kan opgenomen worden. Hierdoor worden echter veel lange en dunne wortels geproduceerd die teer zijn en zeer vatbaar voor ziekten. Door een samenwerkingsverband aan te gaan met een schimmel kan de plant op een andere manier aan voedingsstoffen komen. De schimmel ontvangt stoffen die door de plant zijn aangemaakt in ruil voor voedingsstoffen die moeilijk door plantenwortels te bereiken zijn. Het zijn voornamelijk onbeweeglijke fosfaten, complexe organische verbindingen en het voedingselement silicium die door de schimmeldraden naar de plant getransporteerd worden.