Houtrot waarbij het aangetaste hout een bruine kleur en een brosse structuur krijgt. Het breekt kubusvormig en bruinrot wordt dan ook vaak 'kubiekrot' genoemd. Ernstig aangetast hout kan je zelfs tussen de vingers tot poeder wrijven. Bij bruinrot breken schimmels cellulose en hemicellulose af en blijft enkel het bruine lignine over.
Bruinrot is hoofdzakelijk geassocieerd met coniferen, maar kan ook bij loofbomen voorkomen. Slechts 6% van alle bekende houtrotschimmels veroorzaken bruinrot. Enkele veel voorkomende veroorzakers van bruinrot zijn Dennenvoetzwam (Phaeolus schweinitzii), Zwavelzwam (Laetiporus sulphureus) en Berkenzwam (Piptoporus betulinus).

De opeenvolging van afbraakstadia is min of meer gelijklopend voor de meeste bruinrotschimmels: door de afbraak van de cellulose- en hemicellulosestrengen verliest het hout zijn 'bewapening'. Enkel het lignine blijft over en het aangetaste hout is dan vergelijkbaar met ongewapend beton : het behoudt enige starheid, maar verliest zeer snel zijn buigsterkte.
Bruinrot wordt enkel veroorzaakt door schimmels uit de groep van de Basidiomyceten, de steeltjeszwammen, en dan nog hoofdzakelijk door de buisjeszwammen.
'Fungal strategies of wood decay in trees' door Schwarze
'Houtrot in bomen' door IPC Groene Ruimte